Na te »czyny« nie trzeba było długo czekać. Batory rozumiał, że różnowierstwo jest czynnikiem rozkładowym, że karności i ładu nie znosi, a doszedłszy do władzy, tyranizuje, kto więc je zwalcza, rzecz dobrą dla króla i rzpltej czyni. Dlatego też do warunków poddania się zbuntowanego Gdańska kazał włożyć i ten: »miasto przyjmie w swe mury Jezuitów«. Dla braku osób w zakonie, dla intryg i oporu Gdańszczan, stało się to dopiero 1594 r., ale świadczyło to o dobrej woli króla, której nowy dowód złożył w utworzeniu akademii wileńskiej.
Było to w lecie 1578 r.; król gotując wielką wojnę przeciw Moskwie, i zabezpieczając granice południowo-wschodnie od Tatarów i Turków, bawił we Lwowie i tu 7 lipca t. r. wystawił dyplom na akademię wileńską, nadając jej »takie przywileje, jakie niektóre kolegia jezuickie w innych krajach posiadają... cieszyć się ma temi samemi prawami i przywileiami, jak akademia krakowska« i stać się »ozdobą Litwy, głównym na północy rynkiem nabywania nauk i wiary katolickiej«. Każdorazowy biskup wileński jest jej kanclerzem, biskup żmudzki protektorem, rządzi rektor z zupełną jurysdykcyą nad uczniami akademii, wolnymi od danin i ceł i wyjętymi z pod innych władz i sądów.
Uczynił to król na prośby bisk. wil. Protaszewicza i koadjutora jego Jerzego Radziwiłła, poparte przez sekretarza królewskiego Solikowskiego, który też lwowski dyplom erekcyjny zredagował, i marszałka w. l. Jana Chodkiewicza, nawróconego z kalwinizmu 1572 r. przez Jezuitę Franciszka Toleta. Duszą jednak w tej sprawie był O. Skarga, który i biskupów i nadwornych króla dygnitarzy, zachęcił i popchnął do akcyi. On też uprosił u króla, bawiącego na wiosnę 1579 r. w Wilnie dla przygotowań wojennych, iż 1 kwietnia t. r. wystawił powtórny dyplom erekcyjny, opatrzony wielką pieczęcią litewską i podpisami obydwóch kanclerzy, Radziwiłła Rudego i Zamojskiego, oraz 16 senatorów, obydwóch podkanclerzy, dygnitarzy i urzędników królewskich. Tegoż dnia podpisał król trzeci dyplom, zatwierdzający fundacyę wileńskiego akademickiego kolegium przez biskupa Protaszewicza.
Grzegorz XIII brevem 29 października 1579 r. aprobował królewską erekcyę akademii, chciał z niej mieć Studium generale teologii, pomocniczych wyzwolonych nauk i filozofii, a nauczanie i zupełny zarząd oddał w ręce jenerała i zakonu Jezuitów. Wreszcie sejm warszawski 1583 r. potwierdził nadania królewskie i fundacyę samą, król zaś w czwartym dyplomie na tymże sejmie 23 lutego na kolegium i akademię danym, przelał swe prawa królewskie do dóbr Trokiele, zamienionych za dobra Szyrwinty, zbyt odległe od Wilna, i te z innemi dobrami kolegium i akademii obdarzył przywilejem dóbr duchownych (privilegio exemtionis ecclesiaticae).
Formalne uroczyste otwarcie akademii nastąpiło z początkiem września 1580 r.; Skarga był jej pierwszym rektorem do 1583 r.
