W lat dziesięć potem cały zakon podlegał nieporządkom, które widocznie oddziałały i na prowincyę polską. Jenerał zakonu, Michał Caesenas, razem z głównym przywódcą nominalistów, Wilhelmem Occamem[1], bronił uporczywie zdania, jakoby Chrystus Pan i Apostołowie nie posiadali żadnej własności, i opierał się rozporządzeniom papieża Jana XXII., od którego został obłożony cenzurami kościelnemi i z godności złożony: miejsce zaś jego zajął Franciszkanin: kardynał Bertrand de Turre, biskup tuskulański, jako administrator całego zakonu z woli papieża postanowiony. Ten wezwał zakonników na kapitułę do Paryża w celu wyboru nowego jenerała, na którą zbierać się znowu zabronił Caesenas. Franciszkanie czesko-polskiej prowincyi, na wspólnej kapitule odbytej w Sączu 1328 r., obrali komisarzami: Wojciecha, gwardyana praskiego, i Bogusza, kustosza krakowskiego, polecając im, aby na kapitułę do Paryża podążyli i przyłączyli się do większości głosujących. Komisarze, przybywszy do Kolonii, dowiedzieli się i przekonali, że wszystkie prowincye słuchają raczej głosu papieża, niż złożonego jenerała, udali się do Paryża[2]. Od tego czasu nie było już kapituły jeneralnej w Nowym Sączu dopiero w r. 1642, na której obranym został prowincyałem O. Franciszek Marcinkowski, mąż wielce zasłużony, zmarły „in odore sanctitatis“ w Krakowie 1675 r.[3].
Po pierwszym rozbiorze Polski i przyłączeniu Galicyi do Austryi, nastały dla Franciszkanów nowosandeckich nader przykre i upokarzające chwile. Rząd rozciągnął ścisłą kontrolę nad klasztorem i członkami jego. Sypały się raz po raz, jak z rogu obfitości, urzędowe rozporządzenia, nakazy, upomnienia, indagacye i urgensy jedne po drugich. Oto treść tych dokumentów:
1) Director Primarius Powiatu Sandeckiego (Franciszek Tschirsch von Siegstetten) zapytuje w r. 1777 konwent, dlaczego nie doniósł i nie odpowiedział w 14 dniach na rozporządzenie cesarskie — czy nie ma apteki, nawet prywatnej klasztornej? — jak się aptekarz nazywa? — i jakie ma świadectwa do tego zawodu?
2) Nowosandecki Dyrektor Dystrykcyonalny dnia 9. sierpnia 1779 r. zawiadamia konwent i podaje do wiadomości rozporządzenie cesarskie, dotyczące liczby osób w klasztorze, i żąda spisania osób zamieszkujących klasztor.
