Następnie pracował nad łacińskiem tłumaczeniem i objaśnieniem ksiąg S. Test., które wydał w 5 t. f. 1695—1731, gdzie niekiedy w sposób bardzo swobodny mówi o cudach biblijnych; r. 1696 napisał rozpowszechnioną Ars critica w 2 t., trzecią część tego dzieła stanowią ogłoszone 1700 i przeciwko Cave’mu (ob;) skierowane: Epistola criticae et ecclesiasticae; r. 1698 w 2 t. f. łacińskie tłumaczenie angielskiej edycji N. T. Hammonda (Nov. Test. D. N. J. Ch. ex ed. Vulg. cum paraphr. et annot. Henr. Hammondi, 2 wyd. Francof. 1714); sporządził wydanie Apostolskich Ojców Cotelier’a, z dodatkami i uwagami w 2 t. f. (2 wyd. 1724 Amst.). Jednocześnie prowadził uczoną polemikę z Baylem (ob.), której powodem były wydane przez Cl-a Parrhasiana, ou pensées diverses sur des matières de critique, d’histoire, de morale, de politique, avec de la défense de divers ouvrages de Mr. L. C. (le Clerc) par Théodore Parrhase, Amst. 1699, II t. 1705). Zbijał tu wypowiedziane przez Baylego zdanie (Dict. art. Manicheens, Pauliciens), jakoby rozum nasz nie wystarczał na obalenie zarzutów przeciwko dobroci Boga, wyprowadzanych z istnienia złego moralnego i fizycznego; dowodzi on, że każdy, kto studjował Orygenesa, a tém więcej gruntowny filozof, łatwo odeprzeć może rozumowania manichejczyków. Spór na nowo się rozpoczął, kiedy Cl. w swojej recenzji Cudwortha Intellectual system of the universe, (Lond. 1678) i Grewsa Cosmologia sacra (Lond. 1701), pomieszczonej w Biblioth. choisie) t. I p. 63, 228, t. II 11, 78, 352), przyjął principium vitale Grewsa i siły natury czyli niematerjalne istoty (naturae plasticae) Cudwortha, pośredniczące jakoby między duchem a materją, i tym niematerjalnym istotom, jakkolwiek nie posiadającym świadomości, przyznawał możność wytwarzania zwierząt i roślin, przez udzielone im od Boga ku temu siły. Bayle dowodził, że tym sposobem otwierają się wrota ateizmowi. Cl. wnioski Baylego odpierał, przyczém wszczął się na nowo spór o manichejczyków, z zawziętością przez obie strony prowadzony. Pominiemy tu spór z Publjuszem Ventidiusem (van der Wayen, prof. w Franeker), nie bez słuszności zarzucającym Cl-owi socynjanizm, z powodu jego tłumaczenia Ew. św. Jana I, jakkolwiek 18 pierwszych wierszy tego rozdziału Cl. w osobnym traktacie jeszcze 1695 bronił przeciwko Faustowi Socynowi; również polemikę z jezuitami Despineul i Masson o Harmonia Evangelica (Amst. 1699). Wyliczymy tylko inne jego dzieła. Pod nazwiskiem Theophilus Alethinus 1700 r. wydał słynne dzieło jezuity Petaviusa: De theologicis dogmatibus 6 t. f., z wstępem, uwagami i dodatkami; t. r. wydrukował Quaestiones Hieronymianae etc. (Amst. 1700), w których dość gwałtownie wyraża się o samym Hieronimie i o wydawcy dzieł tego Ojca Kościoła, benedyktynie Martianay. Od 1703—1713 kontynuował Biblioth. universelle et histor., pod nową nazwą Biblioth. choisie (27 t. i 1 t. rejestrów; dalszy jej ciąg pod tytułem: Biblioth. ancienne et moderne od 1714—1727, obejmuje 27 t. i 1 t. rejestrów). Do przedruku dzieł Św. Augustyna, wydania Maurynów, dokonanego przez amsterd. księgarza Mortier (miejscem wydania był Amsterdam, lecz na karcie wstępnej wydrukowane jest: Antverpiae sumptibus societatis), napisał Cl. pod nazwą Jana Pherepona XII tom: Adpendix Augustiniana (Antverp. 1703). Francuzkie tłumaczenie N. Test. (Amst. 1703, 2 t.) ściągnęło na Cl. nowe zarzuty o socynjanizm. Od 1703—1706 przygotowywał wydanie wszystkich dzieł Erazma
