Przez całe dwa lata rokoszu, od 24 czerwca 1606 r. do 9 czerwca 1608, tak jak w całej Polsce z rozporządzenia biskupów, odbywały się publiczne suplikacye, pobożne do miejsc cudownych, zwłaszcza do Częstochowy, pielgrzymki, tak z ordynacyi prowincyała Strivera we wszystkich kościołach, domowych kaplicach jezuickich odprawiano ekspiacyjne nabożeństwa 40-godzinne i inne procesye pokutnicze, zakończone biczowaniem; przez sierpień zaś i wrzesień 1606 r. przepisany był
króla, i pokutę za rokosz. Trwały te targi całą jesień i zimę. Senatorowie nakłaniali króla do łagodności, książę Ostrogski, kasztelan krakowski, tak wyraźnie stawał w obronie rokoszu i Zebrzydowskiego, że aż król przypomnieć mu musiał obowiązki pierwszego senatora. Żółkiewski znów obrabiał Zebrzydowskiego, aby się nie certował, jeno króla przeprosił, bo na wiosnę nowa wojna domowa wybuchnie.
Tymczasem uganiały się za rokoszanami wojska Żółkiewskiego. W jednej takiej potyczce Herburt pojmany, osadzony w więzieniu, wyszedł z niego dopiero w maju 1608 r., przeprosiwszy bardzo pokornie króla za swe „złości i uniesienia“. Szlachta też rokoszowa po wielu miejscach zwoływała zjazdy. Na Litwie ks. Janusz Radziwiłł otoczył się zbrojnym ludem i ciągle swe poczty pomnażał pod pozorem, że niechętny mu Chodkiewicz na wolność jego nastaje i w „sieci łowi“.
Po długiem ociąganiu się, król nareszcie zwołał radę senatu w maju 1608 r. do Krakowa. Ta ułożyła łagodniejsze punkta przeproszenia Zebrzydowskiemu i zawezwała go do aktu przeprosin na dzień 16 maja. Złamany dwuletnią gorączkową agitacyą, klęską guzowską, upokorzeniem i chorobą, zwlókł się z łóżka i z Zamościa stawił się w Krakowie przed królem i senatem. Przeprosiwszy pierw senatorów, przepraszał według przepisanej sobie roty króla. Ten, dawszy mu przez kanclerza Pstrokońskiego w grzecznej formie zasłużoną admonicyę, oznajmił mu przebaczenie i przypuścił do ucałowania ręki. Za Zebrzydowskim przepraszali króla powoli inni hersztowie rokoszu. Także Janusz Radziwiłł za wdaniem się senatu, listownie prosił i otrzymał przebaczenie królewskie. Król uniwersałem z dnia 9 czerwca 1608 r., obwieściwszy przyjęcie do łaski Zebrzydowskiego, przyrzeka tęż łaskę przebaczenia wszystkim rokoszanom, którzy o nią poproszą, przeciw upornym zaś i niepokojącym zaciągami i zjazdami rzpltą, grozi całym rygorem prawa. Dopiero jednak na lutowym sejmie 1609 r. nastąpiła, na prośbę senatu, powszechna amnestya i uspokojenie rzpltej potrzebne do prowadzenia wojny z Moskwą. (Łubieński, De motu civ., lib. III i IV).
Podziwiano w kraju i za granicą łaskawość i łagodność króla, ale nie chwalono, ćwierćwiekowe dalsze panowanie Zygmunta nie
