Jonathan urodził się w Dublinie, w małym domku, który mieszkańcy tej części miasta pokazują dziś jeszcze. Wiek jego dziecinny, równie jak i ojca, szczególnem był naznaczony zdarzeniem. Kolebka Tomasza Swifta stała się łupem żołnierzy, syn zaś sam został porwany.
Mamka jego była z Whitehaven, dokąd ją nagle wezwał umierający jej krewny po którym się spodziewała zapisu, ale ona tak się przywiązała do powierzonego sobie dziecka, że niechcąc się z niem rozstać, nie ostrzegłszy matki, zabrała je z sobą. W Whitehaven pozostał trzy lata; zdrowie bowiem jego tak było wątłe, że matka nie chciała go narażać po raz drugi na podobną podróż, i zostawiła go przy kobiecie która mu dała taki dowód przywiązania. Poczciwa mamka tak starannie zajęła się wychowaniem dziecka, że wróciwszy do Dublina umiał syllabizować: w piątym roku czytał już w Biblji.
Swift dzielił niedostatek matki którą czule kochał, i utrzmywał się przytem z łaski stryja Godwina. Zdaje się że zależność ta, głębokie od dzieciństwa na wyniosłym umyśle jego uczyniła wrażenie, w owym już bowiem czasie przebijać się w nim zaczęła skłonność do mizantropji, która go dopiero wraz z utratą władz moralnych opuściła. Zrodzony po śmierci ojca, wychowany z miłosierdzia, przyzwyczaił się zawczasu dzień swego urodzenia za nieszczęsny uważać. W rocznicę dnia tego odczytywał zawsze to miejsce w piśmie świętém gdzie Job opłakuje i przeklina dzień, w którym oznajmiono w domu ojca jego „że się narodziło dziecko płci męzkiej.“
W szóstym roku posłany został do szkół w Kilkenny założonych i nadanych przez rodzinę Ormond. Pokazują w nich jeszcze pulpit Swifta, na którym wyrył nożem swoje nazwisko.
