czasu napisał on dramat Le sacrifice d’Abraham, który, razem z tłumaczeniem Psalmów, zaczętém przez Marota, a dokończoném przez Bezę, zjednał ostatniemu głośną sławę między franc. protestantami. Wtedy także wydał satyrę Passavantius, wymierzoną przeciwko prezydentowi parlamentu paryzkiego Piotrowi Lizet, autorowi obszernego traktatu „Pseudo-ewangelicka herezja.“ Daleko większego znaczenia był spór między Bezą a Castalio’nem, z powodu stracenia nieszczęśliwego Serweta. Castalio bowiem, pod przybraném nazwiskiem Martinus Bellius, napisał przeciwko genewskim teologom książkę, dedykowaną księciu wirtembergskiemu Krzysztofowi, p. t. „De haereticis an sint persequendi, et omnino quomodo sit cum iis agendum, doctorum virorum tum veterum tum recentiorum sententiae. Liber hoc tam turbulento tempore pernecessarius et omnibus tum potissimum principibus et magistratibus utilissimus ad discendum, quodnam sit eorum in re tam controversa tamque periculosa officium 1554.“ Tegoż samego roku ukazała się odpowiedź Bezy, w traktacie De haereticis a civili magistratu puniendis adversus Martini Bellei faraginem et novorum academicorum sectam, gdzie w pierwszej części zbija on „indyferentyzm przeciwników,“ a w drugiej usprawiedliwia praktyki genewskie. W 1557 r. udał się B., w towarzystwie Farela, do zreformowanych kantonów, a następnie do Strasburga, Mömpelgard i Göppingen, w celu namówienia stanów i książąt protestackich do wstawienia się u dworu francuzkiego za waldensami, którzy mieli być siłą połączeni z Kościołem katolickim. Podobny cel miało drugie poselstwo, które Beza, z kilku towarzyszami, do książąt niemieckich odbył. Z tej podróży wracając, wstąpił do Worms, gdzie niedawno przedtém miało miejsce colloquium między katolikami i luteranami, aby się porozumieć z pozostającymi tam teologami: Melanchtonem, Brenzem i innymi. Wszystkie jednakże zabiegi nie doprowadziły do zjednoczenia, rozbijającego się zawsze albo o upór luteranów, albo o zawziętość szwajcarskich reformatorów. Ponieważ prośby protestantów za ich współwyznawcami we Francji, nie odniosły skutku, a sprawa hugonotów coraz więcej upadała, wyprawiono więc po raz trzeci zręcznego Bezę do Niemiec. Znalazł on książąt niemieckich zebranych w Frankfurcie, z powodu elekcji cesarza Ferdynanda I, i za jego staraniem wysłano zbiorowy list do króla francuzkiego. — Po dziewięcioletnim pobycie w Lozannie, przeniósł się Beza do Genewy. Powody tego przeniesienia się nie są dobrze znane: sam on powiada, że udał się do Genewy, w części dla poświęcenia się teologji, w części z innych pobudek, których nie wymienia. Przeciwnicy Bezy podają przyczyny niezbyt zaszczytne dla słynnego reformatora; nawet jego admirator, Bayle, mniema, że pod sprawą opuszczenia Lozanny musiały się ukrywać szczególne i interesujące historyjki. W Genewie B., na wstawienie się Kalwina, otrzymał prawo obywatelstwa i został professorem teologji i rektorem świeżo założonej akademji, do której uczęszczała młodzież ze wszystkich krajów ościennych. Oprócz tego, przyjął on na siebie obowiązki kaznodziei. Pierwszą pracą literacką B. w Genewie były pisma polemiczne przeciwko luteranom: Westphalowi i Hesshusowi (Cf. Plank, Geschichte der Eutstehung, Veränderung und Bildung unseres protestantischen Lehrbegriffes), o których biograf Bezy, Schlosser, mówi, że są one godne Passavantiusa. Już same tytuły obu tych pism świadczą o duchu i tonie, w jakim pisał je nasz reformator. Traktat przeciwko Hesshusowi nosi taki napis: ΚρεωφαΛια sive cyclops, ὀνος συλλογιζομενος sive sophista,
