Maksymiljan zalecił, aby odtąd tylko katolików na rektorów obierano. Jako kaznodzieja, skutecznością wymowy przewyższał wszystkich innych jezuita Scherer, który całe gminy, magnatów i rycerstwo przeprowadzał na religję katolicką; po nim pierwsze miejsce należy się Melchjorowi Klesel, którego kazania wielki wpływ wywarły na sprawę podniesienia katolicyzmu w Austrji. Protestanci, tak szybkiém podnoszeniem się Kościoła zatrwożeni, chcieli dla obrony własnej lepiej się zorganizować i w tym celu powołali Chytraeusa z Rostocku, który wszakże sam nie przybył, lecz przysłał swego przyjaciela Backmeistra; ustanowili urząd jeneralnego wizytatora wszystkich gmin protestanckich; tu i owdzie uciekali się nawet do gwałtu przeciwko postanowieniom rządowym (bunt chłopów w niższej Austrji 1595—1597). Za staraniem Klesela wydano regulamin szkolny, 1597, w którym zabroniono czytania książek niekatolickich, śpiewania luterskich pieśni, a zalecono katechizm Kanizjusza. W podobnym duchu działał następca Ernesta w namiestnictwie dolnej Austrji, arcyksiąże Maciej, i dzieło restauracji katolickiej spokojnie się rozwijało aż do czasu, kiedy Maciej zaczął przemyśliwać o przeprowadzeniu swych tajnych zamiarów przeciwko Rudolfowi. W Czechach, gdzie protestanci mogli się powoływać tylko na ustne pozwolenie Maksymiljana, cesarz jeszcze energiczniej przeciwko nim wystąpił. W 1581 ogłoszony został edykt, na mocy którego bracia czescy musieli kraj opuścić. W 1602 r., na prośby arcybiskupa i kilku magnatów, Rudolf wydał postanowienie, że w Czechach prawną egzystencję mają tylko katolicy sub una i utrakwiści, zgodnie z bazylejską umową. Zabroniono luteranom odbywać tłumne narady i ubiegać się o publiczne urzędy. Kościół katolicki podniósł się w Czechach, choć nie w takim stopniu, jak we właściwej Austrji. Świetne postępy Kościoła w krajach, ulegających berłu Rudolfa II, umocniły młodego arcyksięcia Ferdynanda w zamiarze przywrócenia religji katolickiej w tych prowincjach, których zarząd do niego należał. Ferdynand (ob. a. Ferdynand II) był synem Karola, a wnukiem cesarza Ferdynanda I. Karol, po śmierci ojca swego Ferdynanda I, otrzymał Styrję, Karyntję, Krainę, Goerz z częścią Kroacji. Pomimo dobrych chęci, w skutek już to pobłażliwości swego brata, Maksymiljana II, dla protestantów, już to z powodu wojny tureckiej, arcyksiąże nie mógł stawić skutecznego oporu przeciwko szerzeniu się reformacji w wyżej wymienionych krajach. R. 1578, uchwałą zapadłą w Bruck, pozwolono na swobodne wyznawanie nauki Lutra panom i stanowi rycerskiemu, arcyksiąże zresztą zobowiązał się tylko za siebie samego i, pomimo usilnych nalegań, nie chciał tego zobowiązania rozciągnąć na swoich następców. Z takąż samą wytrwałością bronił jezuitów, którzy w 1573 r. w Gratz pierwsze kollegjum założyli. Panowie i stan rycerski wszakże nie trzymali się warunków nadanej im wolności religijnej: wypędzali księży katolickich, budowali kościoły tam, gdzie nie mieli do tego prawa, a nawet z bronią w ręku przeciwko władzom rządowym występowali. Zdarzało się, że protestanccy panowie swoich katolickich poddanych siłą spędzali do zamków w dni świąteczne, celem niedopuszczania do przyjmowania udziału w nabożeństwie kościelném. W 1590 r. motłoch napadł i znieważył biskupa i nuncjusza papiezkiego. Na wiadomość o tych rozruchach, pośpieszył do Gratz arcyk. Karol, lecz w kilka dni po przyjeździe nagle umarł (10 Lipca). Na czas małoletności Ferdynanda, opiekunem jego, a zarazem rządcą prowincji ustanowiony był arcyks. Ernest, który umiał utrzymać
