więcej się odznaczył prymas i arcybiskup Olah, za którego staraniem zwołany został synod 1559 r., celem uchwalenia środków przeciwko szerzeniu się protestantyzmu. Za Maksymiljana II, następcy Ferdynanda I, luteranizm w Węgrzech doznawał szczególnej opieki od cesarskich dowódców, Lazara Schwendy i Rübera von Pixendorf. W mniej korzystném położeniu znajdowali się wyznawcy nauki Kalwina. Z trzech więc władców, pomiędzy których rozpadły się ziemie korony św. Stafana, Jan Zygmunt Zapolya był socynjaninem, Maksymiljan popierał luteranów, sułtan zaś nie dbał o spory religijne między chrześcjanami. Wśród takich okoliczności, protestantyzm coraz więcej się rozszerzał, i kiedy Rudolf wstąpił na tron, w tych częściach Węgier, które nie uznawały panowania Turków, było już 900 gmin luterskich. Prawie wszyscy urzędnicy koronni przyjęli nową naukę. W Czechach także okazywał Maksymiljan II wielkie względy protestantom. Tak np. przychylił się do prośby utrakwistów, ażeby, przy zatwierdzaniu przywilejów krajowych, pominięto kompaktaty (bazylejska umowa). Kiedy na sejmie (1575 r.) luterscy kalikstyni i czescy bracia przedstawili, na wzór consensus sandomiriensis (ob.) zredagowane wyznanie wiary, cesarz, nie mogąc inaczej, ustnie przynajmniej zgodził się na nie. Dalej jeszcze posunął się Maksymiljan w sprawach religijnych obojej Austryi. W 1568 pozwolił panom i stanowi rycerskiemu swobodnie wyznawać naukę luterską, podług konfessji augsburgskiej, w zamkach i domach, położonych w ich własnych posiadłościach, jak również w kościołach, pod ich patronatem zostających, pod warunkiem, że panowie i stan rycerski przejmą na siebie dług publiczny 3,600,000 fl. Jednocześnie też teolog luterski, Chytraeus (ob.), sporządził dla protestantów agendę kościelną, która otrzymała monarszą sankcję. R. 1571, d. 14 Stycznia wydany został dokument, zapewniający protestantom w obu Austrjach zupełną wolność w rzeczach religji. Dokument ten znanym jest w historji pod nazwą zapewnienia koncessji (Concessions-Assecuration). Protestanci wkrótce przekroczyli granice, nakreślone im w tej koncessji: między nimi samymi powstały nowe swary teologiczne, nowe nauki i praktyki, odstępujące od agendy, zatwierdzonej przez cesarza. Katolicy byli do takiego stopnia uciśnięci, że prawie żadnego udziału w obradach sejmowych przyjmować już nie mogli. Pomyślniejszy dla katolicyzmu obrót przyjęły sprawy austrjackie, po wstąpieniu na tron Rudolfa II. Ówczesne ożywienie katolicyzmu przypisać należy wierze cesarza, energji namiestnika dolnej Austrji, niezmordowanej gorliwości i kościelnym zdolnościom Melchjora Klesela (ob.), jeneralnego wikarjusza biskupstwa passawskiego, a później kardynała, biskupa wiedeńskiego, jak niemniej poświęceniu jezuitów i wychowanego przez nich młodszego duchowieństwa. Nie naruszano bynajmniej dekretu z 1571, lecz nie pozwalano protestantom bezkarnie przekraczać nakreślonych w koncessji granic. Cesarz i arcyksiąże Ernest energicznie popierali duchowieństwo katolickie, w walce z przeważnym protestantyzmem: 700 probostw i beneficjów, zagrabionych przez protestantów, wróciło do kościoła katolickiego. W 1602 r., 13 miast i miejscowości zadeklarowało dobrowolnie i uroczyście postanowienie powrócenia na łono Kościoła. Dla miast i osad, zależnych od rządu, wydano prawo, na mocy którego nikt w nich nie mógł być dopuszczonym do obywatelstwa, jeżeli nie wyznawał religji katolickiej. Postanowiono także oczyścić uniwersytet wiedeński od obcych wpływów i na początek
