1501 roku, na mocy których, Polska z Litwą połączone wspólnie, a dobrowolnie pod jedném berłem króla wybierać się mającego na przyszłość w Krakowie, stanowić były powinny jeden naród z jedną monetą, i odtąd wspólnie dzielić miały z sobą wszelkie szczęście i nieszczęście. Pokazała się szczerość tych wzajemnych obietnic zaraz w kilka miesięcy potém, w skutku śmierci Jana Olbrachta. Obiór Alexandra na króla nie doznał wielkiego oporu, inne stronnictwa Władysława węgierskiego i Zygmunta szlązkiego musiały ustąpić, do czego najwięcej się przyłożyli panowie litewscy, królowa matka Elżbieta i postawa samego Alexandra, który pokazywał gotowość upomnieć się w razie potrzeby o tron nawet orężem. Wysłane do króla poselstwo zastało go w Brześciu Litewskim na czele panów koronnych, jeździł tam Jędrzej z Boryszewic arcybiskup lwowski. Po koronacyi swojej (Heleny nie koronowano), pospieszył król zaraz do Litwy, gdzie obecność jego była potrzebną, w Polsce zaś rządy najwyższe z prawami majestatu oddał bratu swojemu Fryderykowi, który stał podówczas na czele duchowieństwa polskiego jako kardynał książę prymas i biskup krakowski. Nie zawiódł się król na bracie, który aczkolwiek bardzo wolnego był życia, umiał zająć należycie obowiązkami dostojnego swojego stanowiska, chociaż koronacyję przeżył nie wiele. Tatarzy krymscy najechali Polskę aż pod Sandomierz w czasie nieobecności królewskiej; nigdy jeszcze tak głęboko nie posuwali swoich zagonów, pierwsze tylko hordy mongolskie w XIII wieku pustoszyły te okolice. Fryderyk wysłał przeciwko najeźdźcom służebnych dworskich ludzi i nakazał pospolite ruszenie, ale wszystko to było już zapóźno, najazd spłynął bezkarnie i jedynie tylko dworzanin Fryderyka, Wapowski, odznaczył się cokolwiek pod Pacanowem. Jednocześnie Stefan Wołoski najechał i zawojował Pokucie. Alexander szczęśliwszy był za to na Litwie z Iwanem. Przymierze z nim albowiem do sześciu lat stanęło w r. 1503, jeńcy wojenni z obu stron otrzymali wolność, ale ziemie na Litwie zdobyte, Mceńsk, Sierpiejsk, Brańsk, Dorohobuż i Putywl zostały przy Moskwie. Zaspokoiwszy się z teściem, król zwrócił uwagę na Mazowsze. Umarł książę Konrad a według dawniejszej ugody lubelskiej, całe Mazowsze w takiem zdarzeniu miało być wcielone do Korony, ale wdowa po księciu Anna Radziwiłłówna i stany mazowieckie wyjednały sobie na sejmie piotrkowskim w r. 1504 łaskę królewską, że księstwo zachowując udzielność, jeszcze raz poszło w podział pomiędzy małoletnich synów Konrada i po ich nawet bezpotomnem zejściu miało spadać na siostry aż do chwili, póki Anna nieopatrzy księżniczkom stosownego posagu. Zwrócono następnieu wagę na zawojowane Pokucie. Wysłane wojsko do Wołoch, przymusiło hospodara że z tej ziemi ustąpił, ale nie było czém zapłacić żołnierza, wojsko rzuciło się hurmem na dobra dochowne i porządnie je obdzierało. Król tymczasem podróżował po Prussiech polskich, gdzie od miast odbierał hołd i przysięgę na wierność. Miała jeszcze i drugi cel owa podróż królewska. Fryderyk saski wielki mistrz krzyżacki zwłóczył ciągle spełnienie swojej powinności względem Polski, do której był zobowiązany traktatem toruńskim z r. 1466, Janowi Olbrachtowi i jemu nie chciał złożyć hołdu, tak dalece, że aż król brał się do pogróżek. Stanąwszy w Malborgu, Alexander wzywał do siebie wiekiego mistrza, który poprzednio już, niby to niedomyślając się o co królowi chodzi, wyjechał do Niemiec. Sprawa pruska zatem z dnia na dzień się odwlekała bez końca. Król odbywał następnie sejm w Radomiu i na nim sądził sprawę Szachmata, dawniej hana hordy złotej, który z całym taborem swojego narodu przyciągnął na pomoc Polsce na puste kijowskie pola i na nich napadnięty znienacka, przez Mengli Gireja, stracił wszystko i stał się wygnańcem. W Radomiu, dokąd król ściągnął z Litwy więzionego za to poprzednio Szachmata, że chciał uciekać do sułtana
