Zygmunt odczuł bardzo dotkliwie śmierć swego powiernika. Gdy go grzebał w wielkim ołtarzu, w katedrze krakowskiéj, na Wawelu, zrosił jego trumnę rzęsistemi łzami. Wszakże minęły razem z zmarłym „dobre czasy.” Nowi ludzie, których monarcha ani kochał, ani cenił, otaczali już tron. Choiński był ostatnim z dawnéj szkoły dyplomatów Zygmunta, którzy imię jego talentem swoim uświetniali między obcymi.
Stary król nie dźwignął się już po téj stracie. Zaraz po śmierci Choińskiego schwyciła Bona rządy państwa w swe bezmiłosierne dłonie, obsadziwszy znaczniejsze dygnitarstwa własnemi kreaturami.
Zwłoki Choińskiego spoczywają dotąd na Wawelu, w wielkim ołtarzu; tylko nagrobek ustąpił późniéj miejsca tablicom królów: Wiśniowieckiego i Sobieskiego, i znajduje się dziś w kaplicy św. Jędrzeja (Olbrachta).
Biskup Padniewski napisał dla zgasłego tak wcześnie kanclerza następny epitaf:
Mens ego regis eram, summi columenque senatus
Idque ope Mercurii, Palladis et fidei.
Summorum celerem cursum succidit honorum,
Quem dederat virtus, invida Parca mihi.
Epitaf ten umieścił Starowolski w swych „Monumentach” (str. 28).
Inny wiersz pochwalny podaje Okolski:
O mihi, si plures annos fera Parca dedisset
Et vellent vitae fata favere meae,
Quam tibi multa forent nostro de nomine, quamquam
Afflueres magnis Grachia (!) docta bonis.
Sed quia, quod volui, nequeo; grata accipe mente:
In rebus magnis et voluisse sat est.
Jeden z licznych wychowańców Choińskiego, Jakób Wierzba, kanonik krakowski i pułtuski, kazał wymalować portret swego dobrodzieja. Wizerunek ten wisi dotąd w krużgankach, w kościele OO. Franciszkanów w Krakowie. Wierzba położył pod nim podpis następujący: „Joanni Choiński episc. crac. et cancellario Regni, Senatori, Regenti constantissimo, et juris consultissimo, et apud Regem Sigismundum Primum merito suo graciosissimo ingenio, judicio, dignitateque praestantissimo. Cuius praeclarissimas de Republica et Religione cogitationes mors immatura intercepit — Patrono suo optime merito, Jacobus Wiesba, canonic. cracov. et pult. posuit.”
Inny portret Choińskiego znajduje się w Kielcach, w sali pałacu dawniéj biskupiego.
Oprócz króla uczuł śmierć kanclerza na razie najwięcéj ten,
