Kościół św. Małgorzaty, pierwotnie drewniany, istniał już pod koniec XIII. wieku na gruncie wsi Kamienicy, kiedy Wacław, król czeski, książę krakowski i sandomierski, nadawał przywilej wójtom tejże wsi na założenie miasta Nowego Sącza. O tym jednak pierwotnym kościele przechowały się zaledwie krótkie wspominki. I tak król Wacław w przywileju, nadanym Janowi Muskacie, biskupowi krakowskiemu, w Pradze 24. marca 1308 r., wspomina wyraźnie o kościele św. Małgorzaty, jako filialnym kościoła parafialnego św. Wojciecha[1]. Dowodem istnienia tego kościoła są również najdawniejsze pieczęcie Nowego Sącza. Na pieczęci z r. 1343 przedstawiona jest św. Małgorzata siedząca na smoku, zwróconym w prawo. W prawej ręce trzyma ona chorągiew o trzech strefach, z krzyżem u góry, w lewej kościół o jednej wieży, zwrócony w prawo, na którego dachu ptak. Po prawym boku chorągwi również ptak, ale na gałązce. W otoku napis: Sigillum Advocati Et Civium In Novo Sandecz[2].
W r. 1403 Jan i Alusia (Aluschia) Kulerowie, małżonkowie, sporządzili testament wobec wójta i ławników sandeckich, mocą którego legowali kościołowi św. Małgorzaty 50 grzywien (marcas)[3].
Według dawnego zwyczaju przysługiwało rajcom prawo wybierania i obsadzania każdoczesnego zakrystyana przy kościele św.
